Para que o valor desonerado de ICMS seja integrado ao valor total da NF-e, deve-se realizar a configuração abaixo:

Em Menu do Sistema>Sistema>Configuração, clique em “Configurações por Empresa” e no campo de pesquisa digite “DESONERA”; dessa forma aparecerá a opção de Nota Fiscal > Cálculos: “Integra desoneração no valor total”

Marcando a opção como “SIM” o valor desonerado ICMS será adicionado no valor total da Nota Fiscal.